1.理事会：主要职能是负责指导研究院建设、发展规划以及重大事项决策。理事会由烟台大学、山东省知识产权局、省科技厅、省教育厅、省信息产业厅、省文化厅、省高级人民法院、省高级人民检察院、省司法厅、省版权局、省工商局、青岛海关、济南市知识产权局、青岛市知识产权局、烟台市知识产权局等单位组成。理事会每年召开一次会议，审议研究院工作报告以及下一年度的工作计划。
    理事长单位由烟台大学担任，山东省知识产权局、省科技厅、省教育厅、省信息产业厅担任副理事长单位，其他单位为常务理事单位。
    理 事 长：韩向利
    副理事长：李爱民  宋承祥  石明泉
    常务理事：孙国丽  马灵喜  吕  涛  于晓林  段黎明  马素刚  杨成志  金志海  
2.院务委员会：由研究院院长、副院长以及烟台大学校内协作单位选派的院务委员组成，主要职能是负责研究院日常工作的决策，由理事会选派德高望重的独立人士担任院务委员会主任。院务委员会每半年召开定期会议一次，并可视具体情况召开临时会议。
3.学术委员会：聘请知名学者、具有较高学术水平的官员和实务工作者以及校内具有高级职称的教师担任学术委员，负责研究成果评审、学位授予等相关学术事务。
    学术委员会主任：吴汉东
            副主任：房绍坤    张跃进
    学术委员：(按姓氏笔画排序)
            王吉法  乔传福  吴汉东  宋红松  李爱民  张跃进  房绍坤  金福海  唐广良  
            徐世艾  郭庆存  郭明瑞  陶鑫良  曹津燕
4．行政管理机构：研究院设院长一名，副院长若干名，以及院长助理岗位。院长负责研究院的总体管理；副院长分别负责教学、科研、行政和对外联络等事务。
    研究院设名誉院长职位，聘请知识产权界有较高声望的官员或学者担任。
    研究院设行政办公室，负责研究院的日常运作和对外联络。
    院    长：郭明瑞
    副 院 长：李爱民   王吉法
    院长助理：宋红松
    办公室主任：赵文经
5．研究室：知识产权研究院设立如下教学科研机构，并可根据具体情况对教研机构进行调整。
（1）知识产权战略与管理研究室：从事知识产权与宏观经济战略以及知识产权管理等方面的研究。侧重于知识产权与经济学和管理学的交叉研究。
（2）知识产权法学研究室：从事知识产权法律制度、国际知识产权规则等方面的研究。侧重于对知识产权进行规范分析的法学研究，以及对知识产权法进行实际操作的实务研究。
（3）企业知识产权研究室：以企业知识产权保护和管理为研究重点，突出知识产权与企业竞争力研究，具体如企业知识产权研发、知识产权竞争策略、企业知识产权保护、知识产权交易等，立足于帮助企业实施知识产权战略。
（4）WTO知识产权规则研究室：以解读TRIPS协议内容为研究重点，研究发展中国家应如何解释和实施TRIPS协议，把握世界贸易组织知识产权规则未来发展动向，研究发展中国家参与国际知识产权规则制定的策略。
（5）《知识产权动态》及网站编辑室：定期出版《知识产权动态》，负责山东省知识产权研究院网站的维护。

6．知识产权学院：负责研究院的教学和人才培养工作，组织开展包括本科生和研究生在内的各层次知识产权教学工作。